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內(nèi)容簡介:《醫(yī)用生物信息學(xué)理論與實踐》是面向醫(yī)學(xué)研究生和本科生的一本生物信息學(xué)入門級讀物. 《醫(yī)用生物信息學(xué)理論與實踐》編寫力求通俗易懂、圖文并茂，突出實用特色. 內(nèi)容包含序列比對、基因芯片數(shù)據(jù)分析、基因注釋與功能分析、SNP數(shù)據(jù)分析與相關(guān)數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析、非編碼RNA與復(fù)雜疾病、生物分子網(wǎng)絡(luò)等.

作者簡介:

目錄:目錄
前言
第1章 序列比對 1 
1.1 序列比對簡介 1 
1.1.1 同源、相似和距離 1 
1.1.2 序列比對的作用 2 
1.1.3 序列比對算法簡介 2 
1.2 數(shù)據(jù)庫搜索BLAST 5 
1.2.1 BLAST 簡介 6 
1.2.2 BLAST 搜索頁面的功能 6 
1.2.3 BLAST 常用搜索數(shù)據(jù)庫 7 
1.2.4 BLAST 標(biāo)準(zhǔn)核酸搜索頁面簡介 8 
1.2.5 BLAST 參數(shù)設(shè)置 10 
1.2.6 其他的BLAST 搜索頁面 13 
1.2.7 使用NCBI 網(wǎng)站BLAST 服務(wù)的其他方式 14 
1.2.8 BLAST 搜索結(jié)果頁 14 
1.3 多序列比對 17 
1.3.1 Clustal Omega 18 
1.3.2 Kalign 20 
1.3.3 MAFFT 21 
1.3.4 MUSCLE 22 
1.3.5 MView 23 
1.3.6 T-Coffee 25 
第2章 基因芯片數(shù)據(jù)分析 27 
2.1 基因芯片測定平臺簡介 27 
2.1.1 cDNA 芯片 27 
2.1.2 寡核苷酸芯片 28 
2.1.3 原位合成芯片 28 
2.1.4 光纖微珠芯片 29 
2.2 基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫常用分析軟件 29 
2.2.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫 29 
2.2.2 微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫 30 
2.2.3 其他常用基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫 31 
2.3 基因芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理與差異表達(dá)分析 32 
2.3.1 基因芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理 32 
2.3.2 基因芯片差異表達(dá)分析 36 
2.4 基因芯片數(shù)據(jù)的聚類分析和分類分析 38 
2.4.1 聚類分析 38 
2.4.2 分類分析 42 
2.4.3 分類模型的分類效能評價 44 
2.5 基因芯片數(shù)據(jù)的常用分析軟件 45 
2.5.1 R 語言和BioConductor 45 
2.5.2 BRB-ArrayTools 基因芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理軟件 46 
2.5.3 SAM 差異表達(dá)分析軟件 46 
2.5.4 聚類分析軟件Cluster 和TreeView 49 
第3章 基因注釋與功能分析 51 
3.1 基因注釋數(shù)據(jù)庫 51 
3.1.1 GO 數(shù)據(jù)庫 51 
3.1.2 KEGG 數(shù)據(jù)庫 53 
3.2 基因富集分析算法及軟件實現(xiàn) 55 
3.2.1 基因富集分析算法簡介 55 
3.2.2 基因功能和信號通路富集分析 56 
第4章 SNP 數(shù)據(jù)分析與相關(guān)數(shù)據(jù)庫 65 
4.1 SNP 簡介 65 
4.2 哈迪-溫伯格平衡定律 66 
4.2.1 哈迪-溫伯格平衡群體的判斷 66 
4.2.2 SPSS 軟件實現(xiàn)哈迪-溫伯格平衡群體的判斷 67 
4.3 SNP 關(guān)聯(lián)分析 69 
4.3.1 SNP 關(guān)聯(lián)分析介紹 69 
4.3.2 SPSS 軟件實現(xiàn)SNP 關(guān)聯(lián)分析 70 
4.4 SNP 互作分析 73 
4.4.1 多因子降維法 73 
4.4.2 應(yīng)用R 軟件的MDR 軟件包實現(xiàn)多因子降維法 73 
4.5 SNP 單體型分析及識別Tag SNP 77 
4.5.1 SNP 單體型分析 77 
4.5.2 Haploview 軟件實現(xiàn) 78 
4.6 全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù)分析簡介 85 
4.7 SNP 相關(guān)數(shù)據(jù)庫簡介 86 
4.7.1 dbSNP 數(shù)據(jù)庫 86 
4.7.2 dbGaP 數(shù)據(jù)庫 89 
第5章 蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析 91 
5.1 蛋白質(zhì)組學(xué)概述 91 
5.2 蛋白質(zhì)組學(xué)研究的技術(shù)體系 92 
5.2.1 蛋白質(zhì)組電泳分析技術(shù) 93 
5.2.2 蛋白質(zhì)組質(zhì)譜分析技術(shù) 95 
5.2.3 功能蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù) 96 
5.2.4 結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù) 98 
5.3 蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫及分析軟件 98 
5.3.1 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫 99 
5.3.2 蛋白質(zhì)模式模體數(shù)據(jù)庫 103 
5.3.3 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 105 
5.3.4 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測數(shù)據(jù)庫 109 
5.4 蛋白質(zhì)注釋及功能預(yù)測 114 
5.4.1 基于序列相似性的功能預(yù)測 114 
5.4.2 基于蛋白質(zhì)信號的功能預(yù)測 115 
5.4.3 基于蛋白質(zhì)序列特征的功能預(yù)測 115 
5.4.4 基于蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的功能預(yù)測 116 
5.4.5 基于蛋白質(zhì)相互作用的功能預(yù)測 116 
5.4.6 基于基因組上下文的功能預(yù)測 116 
5.5 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及網(wǎng)絡(luò)分析 116 
5.5.1 綜合蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫 117 
5.5.2 特定物種的蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫 123 
第6章 非編碼RNA 與復(fù)雜疾病 125 
6.1 miRNA 概述及其研究策略 125 
6.1.1 miRNA 概述 125 
6.1.2 miRNA 表達(dá)譜檢測 127 
6.1.3 miRNA 靶基因預(yù)測分析 129 
6.1.4 miRNA 功能篩選 131 
6.1.5 miRNA 數(shù)據(jù)庫資源 131 
6.2lncRNA 概述及靶基因識別 138 
lncRNA 數(shù)據(jù)庫 141 
6.3非編碼RNA 表達(dá)譜與復(fù)雜疾病 142 
6.3.1 基于miRNA 表達(dá)譜識別癌癥相關(guān)miRNA 143 
6.3.2 基于lncRNA 表達(dá)譜識別癌癥相關(guān)lncRNA 144 
6.3.3 基于非編碼RNA 表達(dá)譜分類人類癌癥 145 
6.3.4 疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫 145 
第7章 生物分子網(wǎng)絡(luò) 149 
7.1生物分子網(wǎng)絡(luò)簡介 149 
7.1.1 生物分子網(wǎng)絡(luò)的基本概念 149 
7.1.2 生物分子網(wǎng)絡(luò)的可視化 152 
7.2生物分子網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治?nbsp;156 
7.2.1 生物分子網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩缘亩x 156 
7.2.2 生物分子網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑植嫉奶卣?nbsp;159 
7.2.3 生物分子網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩缘挠嬎?nbsp;159 
7.3生物分子網(wǎng)絡(luò)模塊和聚類 161 
7.3.1 生物分子網(wǎng)絡(luò)模塊的定義 161 
7.3.2 網(wǎng)絡(luò)模塊的搜索工具 162 
7.4常見生物分子網(wǎng)絡(luò)和相關(guān)數(shù)據(jù)庫 164 
7.4.1 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò) 164 
7.4.2 基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 167 
7.4.3 細(xì)胞內(nèi)代謝與信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò) 168 
7.4.4 人類疾病網(wǎng)絡(luò)與藥物靶點網(wǎng)絡(luò) 169 
參考文獻(xiàn) 171